| 针灸康复科 |
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巴中市中医医院针灸康复科是我市目前规模较大、设备先进、人才结构配置合理的特色专科，是“国家重点建设的44个农村针灸理疗康复特色专科”、“四川省中医重点专科”。 |
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| 脾胃病科 |
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巴中市中医院脾胃病科是集临床、教学、科研为一体的脾胃病诊治科室，是巴中市中医重点专科。 |
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| 肝病科 |
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肝病科为中西医结合特色专科，为四川省重点专科，巴中市重点专科，全国重症及疑难肝病治疗协作组成员单位。 |
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| 肺病科 |
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肺病科始于大内科，集临床、科研、教学、护理为一体的具有中西结合科室，技术实力雄厚，设备先进，中西结合治疗特色突出。 |
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| 肿瘤科 |
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肿瘤科是巴中市中西医结合治疗肿瘤医、教、研基地，市级中医重点专科、市级中医肿瘤质控中心挂靠科室,四川省肿瘤医院、四川省人民医院、川北医学院专科联盟科室。 |
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| 内分泌科 |
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内分泌科成立于2006年，2018年分科，现为巴中市重点中医专科，秉承“精中医，强西医”院训，突出“提高急危重症救治能力，提高疑难疾病诊断水平，彰显中医特色”。 |
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| 老年病科 |
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老年科成立于2016年，长期我科致力于成为中医特色优势突出，西医技术力量雄厚的市级重点老年病专科。 |
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| 脑病科 |
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脑病科成立于2011年，现为国家卫健委脑防委示范卒中防治中心、中国卒中学会综合卒中中心。 |
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| 治未病科 |
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治未病科由中医体质辨识门诊、健康保健咨询门诊、特需门诊、健康宣教和传统疗法治疗室组成，为您确定个性化的健康调养方案及因人而异的诊疗指导和疾病干预措施。 |
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| 超声科 |
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科室采用超声图文工作站对报告及档案实行电脑化管理。可开展多种超声诊断及治疗项目，包括腹部、妇科、产科、泌尿、心脏、浅表、血管等多个专业。 |
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| 放射科 |
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放射科创建于1983年，经过30多年的不懈努力，现已发展成为集放射检查、放射诊断、放射治疗和医疗教学、科研于一体的综合性科室。 |
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| 检验科 |
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医学检验科是一个以医疗、教学和科研为一体的综合实验室，是巴州区卫生健康局授牌的公立巴州区（县域）医学检验中心。 |
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