| 外二科 |
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外二科室成立于2011年，曾获得巴中市科技进步奖2项；巴州区科技进步奖4项；科室在国家级刊物发表论文30余篇。 |
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| 外三科 |
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外三科成立于2011年，曾获巴中市科技进步奖1项，巴州区科技进步奖2项、发表国家级论文近20篇，省级论文20余篇。 |
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| 骨科 |
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巴中市中医医院骨科是集医疗、数学、科研、急救于一体的市级临床重点专科，省级重点专科建设单位。 |
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| 妇产科 |
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妇产科是巴中市中医院的特色重点科室，是全区爱婴医院率先达标之一，其先进的技术和优质的服务吸引了广大患者。 |
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| 心病科 |
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心病科成立于2003年，现为巴中市重点专科建设科室。获巴州区科技进步一等奖1项，多人多次在省级以上刊物发表论文数篇。 |
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| 肾病科 |
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肾病科为我院市级重点专科，现有医护人员20余人，在省级以上刊物发表学术论文10余篇，获市、区科技进步奖各一项。 |
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| 肛肠科 |
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肛肠科病区成立于2008年，现为巴中市中医重点专科，四川省中医重点专科创建单位，国家中管局十二五重点专科川北医学院附属医院肛肠业务指导及协助单位。 |
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| 眼耳鼻喉科 |
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市级重点专科，目前科室设置床位31张，现有医护人员14人，其中高级职称3人，中级职称8人，初级职称3人，市区科研、科技进步奖3项、论文20余篇等。 |
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| 麻醉科 |
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麻醉科手术室是医院的重要临床科室，承担全院各科手术患者临床麻醉及手术配合，术后镇痛，癌痛、急慢性疼痛治疗，全院抢救插管，中心静脉穿刺等工作。 |
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| 重症医学科 |
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重症医学科目前是四川省中医重症医学质量控制中心巴中市分中心、巴中市重症胰腺炎治疗中心、巴中市临床医学重点学科。 |
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| 儿科 |
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儿科成立于 2018年，目前科室设置床位30张，2个护理单元，开设普儿及新生儿病区。 |
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| 急诊科 |
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急诊科成立于1983年，是一个跨多学科专业的一级临床科室，集医疗、教学、科研为一体的综合急诊医疗服务体系。 |
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| 病理科 |
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病理学是研究疾病的病因发病机制、形态结构，揭示疾病发生发展及转化规律，同时又是实践性很强的具有临床性质的学科。 |
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